Recentemente, aghju scupertu qualcosa stupente!Parechji prufessiunali di esperimenti avanzati intornu à ellu ùn cunnosci micca ancu qualchi punti di cunniscenza sperimentali assai basi.

Per esempiu, pudete risponde à e seguenti dumande?

Ci hè una diffarenza trà OD260 è A260?Chì significà ognunu?
OD hè l'abbreviazione di densità ottica (densità ottica), A hè l'abbreviazione di assorbanza (assorbanza), i dui cuncetti sò in realtà listessi, "densità ottica" hè "assorbanza", ma "densità ottica" hè in linea cù a maiò parte di i normi naziunali è più standardizati.

Di solitu misuremu u valore OD à 260nm per calculà a cuncentrazione di l'acidu nucleicu, allora chì rapprisenta 1OD?
L'acidu nucleicu hà un piccu di assorbimentu massimu à una lunghezza d'onda di 260 nm, chì cuntene l'ADN è l'RNA, è ancu frammenti di l'acidu nucleicu frammentatu (questu hè u puntu chjave).
U valore OD misuratu à una lunghezza d'onda di 260 nm hè statu registratu cum'è OD260.Se a mostra hè pura, u valore OD260 pò calculà a cuncentrazione di a mostra di l'acidu nucleicu.
1 OD260=50 μg/ml dsDNA (DNA a doppia catena)
= 37 μg/ml ssDNA (DNA a filamento singolo)
= 40 μg/ml RNA
= 30 μg/ml dNTPs (oligonucleotidi)
Ci hè una cunnessione è una differenza trà RT-PCR, Realtime-PCR è QPCR?
RT-PCR è l'abbreviazione di Reverse Transcription PCR
Real Time PCR = qPCR, abbreviazione di Quantitative Real Time PCR
Ancu se a PCR in tempu reale (PCR quantitativa fluorescente in tempu reale) è a PCR di trascrizione inversa (PCR di trascrizione inversa) pareanu esse abbreviate cum'è RT-PCR.Ma a cunvenzione internaziunale hè: RT-PCR si riferisce specificamente à a PCR di trascrizione inversa.

Chì sò i nt, bp, è kb cumunimenti utilizati per discrive a durata di DNA / RNA in biologia?
nt = nucleotide
bp = coppia di basi
kb = kilobase

Di sicuru, diciarete chì parechje persone ùn importa micca di sti picculi ditagli !Tutti facenu questu, è nimu ùn vi dumandu ciò chì hè.Sapete chì questu hè micca necessariu, nò?

No, No, No, hè assai necessariu di sapè questu!per via di quale ?
Perchè vo vulete publicà un articulu !Fratellu!Sia chì vo site per a graduazione o perseguite i risultati di a ricerca scientifica, duvete cunfidà nantu à l'articuli per parlà!

L'estrazione di l'acidu nucleicu deve esse l'esperimentu più simplice è basicu.A qualità di l'estrazione di l'acidu nucleicu determina direttamente i risultati di l'esperimenti successivi.

Ancu l'aghju dettu parechje volte, ci sò ancu parechji amichi chì ùn importa micca.Sta volta aghju decisu di passà fora di l'articulu!

L'infurmazione minima per a Publicazione di Esperimenti Quantitative Real-Time PCR, chjamatu MIQE, hè un inseme di linee di sperimentazione quantitativa di fluoriscenza lanciata in u mondu internaziunale, chì prupone standard minimi per l'infurmazioni sperimentali necessarii per evaluà l'esperimenti di PCR quantitativi di fluoriscenza è publicà articuli.Per mezu di e cundizioni spirimintali è i metudi di analisi furniti da u sperimentatore, i rivisori ponu valutà megliu a validità di u schema sperimentale di u ricercatore.

Pò esse vistu chì in a sezione di l'estrazione di l'acidu nucleicu, i seguenti elementi di rilevazione sò stati pruposti,

"E" indica l'infurmazioni chì devenu esse furnite è "D" indica l'infurmazioni chì devenu esse furnite se necessariu.

A forma hè assai cumplicata, in fattu, vogliu dì chì tutti ci vole à principià

purezza (D), rendiment (D), integrità (E) è cuerenza (E) per valutà l'acidi nucleici in questi quattru aspetti.

Sicondu l'abitudini sperimentali, prima parlate di i metudi di valutazione di purità è cuncentrazione.

A misurazione OD hè u metudu di deteczione preferitu è ​​più faciule per i sperimentatori.In quantu à u principiu, ùn entreraghju in dettagli quì.Parechji laboratori utilizanu ora spettrofotometri ultra-micro per analizà direttamente quantitativamente i campioni di l'acidu nucleicu.Mentre mostra u valore di l'assorbanza, u prugramma dà direttamente u valore di cuncentrazione (acidu nucleicu, proteina è tintura fluorescente) è rapporti cunnessi.In quantu à l'analisi di u valore OD, Salvà sta stampa è sarete bè.

Lista di suluzione universale di valore OD

Tuttavia, ci sò uni pochi di caveats chì deve esse purtatu separatamente per voi.

(Dopu tuttu, sò chì duvete esse quelli chì salvanu è aspettate finu à chì ne avete bisognu!)

Nota 1 Equipamentu

U valore OD serà affettatu da diverse equipaghji.Mentre l'OD260 hè in un certu intervallu, i valori di OD230 è OD280 sò significati.Per esempiu, a gamma di assorbanza di l'Eppendorf D30 cumuni à 260nm hè 0 ~ 3A, è u NanoDrop One di Thermo hè à 260nm.A gamma di assorbanza di 0.5 ~ 62.5A.

Nota 2Reagent di diluzione

U valore OD pò esse affettatu da a diluzione di diversi reagenti.Per esempiu, a lettura OD260/280 di RNA purificatu in pH7,5 10 mm Trisbuffer hè trà 1.9-2.1, mentri insuluzione acquosa neutrau rapportu serà più bassu, forsi solu 1,8-2,0, ma questu ùn significa micca chì a qualità di RNA cambia Differenza.

Nota 3Sustanze residuali

L'esistenza di sustanzi residuali influenzerà l'accuratezza di a misurazione di a cuncentrazione di l'acidu nucleicu, per quessa, hè necessariu di evità i residui di proteine, fenoli, polisaccaridi è polifenoli in i campioni di l'acidu nucleicu quantu pussibule.

Tuttavia, in fattu, l'estrazione cù reagenti organici hè un vechju metudu.In i kits cummirciali, l'effettu di l'estrazione pò esse ottenutu per mezu di una colonna di adsorzione basata in silice cumminata cù centrifugazione, evitendu reagenti organici tossichi è dannosi chì sò difficiuli di sguassà, etc. U prublema, cum'èU kit d'estrazione di l'acidu nucleicu di Foregene, ùn usa micca DNase / RNase è reagenti organici tossici durante l'operazione, veloce è sicura, è ueffettu hèbene(Accidentalmente hà dettu chì era calvo, ma sò chì vulete sapè).

Esempiu 1: Rendimentu di estrazione di DNA genomicu è purezza

Foregene Soil DNA Isolation Kit (DE-05511) tratta campioni di terra da diverse fonti, è a quantità è a purità di l'ADN genomicu ottenutu sò mostrati in a tabella seguente:
Esempiu 2: Rendimentu è purezza di l'estrazione di RNA tissutale

L'Animal Total RNA Isolation Kit (RE-03012) hà trattatu varii campioni di tissuti, è a quantità è a purità di l'RNA ottenuta sò mostrate in a tabella sottu (per u tissutu di u mouse):
Tuttavia, ùn pensate micca chì avete finitu cù u valore OD.Avete qualchì cura di i punti chjave chì aghju disegnatu per voi in fronte?

Avvisu

Molécule d'acidu nucleicu frammentatu seranu ancu calculati in l'assorbanza.Assumindu chì avete residui di DNA genomicu in l'RNA, u vostru valore OD parerà esse assai altu, ma a cuncentrazione attuale di RNA ùn pò esse determinata.Ch'ella sia u vostru RNA ùn hè micca chjaru s'ellu ci hè degradazione, cusì avemu sempre bisognu di un metudu di valutazione cumpletu per dà un ghjudiziu più precisu, vale à dì, a valutazione di l'integrità di l'acidu nucleicu mintuatu in MIQE.