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Emergenza di SARS-CoV-2 B.1.1.7 Lineage

Stati Uniti, u 29 di dicembre di u 202012 di ghjennaghju di u 2021

Summer E. Galloway, PhD 1;Prabasaj Paul, PhD 1;Duncan R. MacCannell, PhD 2 ;Michael A. Johansson, PhD 1;

John T. Brooks, MD 1;Adam MacNeil, PhD 1;Rachel B. Slayton, PhD 1;Suxiang Tong, PhD 1;Benjamin J. Silk, PhD 1;Gregory L. Armstrong, MD 2;

Matthew Biggerstaff, ScD 1;Vivien G. Dugan, PhD

U 15 di ghjennaghju di u 2021, stu rapportu hè statu publicatu cum'è MMWRLiberazione anticipata nantu à u situ web MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

U 14 dicembre di u 2020, u Regnu Unitu hà dettuuna variante SARS-CoV-2 di preoccupazione (VOC), lignage B.1.1.7,chjamatu ancu VOC 202012/01 o 20I/501Y.V1.* UA varianti B.1.1.7 hè stimata chì emerge in settembre2020 è hè diventatu rapidamente a circulazione dominanteVariante SARS-CoV-2 in Inghilterra (1).B.1.1.7 hè staturilevatu in più di 30 paesi, cumpresi i Stati Uniti.Asdi ghjennaghju 13, 2021, circa 76 casi di B.1.1.7 hannuhè stata rilevata in 12 stati di i Stati Uniti.Evidenze multipleindicà chì B.1.1.7 hè più efficacità trasmessi chè sòaltre varianti di SARS-CoV-2 (13).A trajectoria modellata dista variante in i Stati Uniti mostra una crescita rapida in principiu di 2021,diventendu a variante predominante in marzu.AumentatuA trasmissione di SARS-CoV-2 puderia minacciare l'assistenza sanitaria strettarisorse, necessitanu una implementazione estesa è più rigorosadi strategie di salute publica (4), è cresce a percentuale diimmunità di a pupulazione necessaria per u cuntrollu di a pandemia.Pigliàe misure per riduce a trasmissione avà ponu riduce u putenzialeimpattu di B.1.1.7 è permette tempu criticu à cresce vaccinacopertura di tion.In cullettivu, surviglianza genomica rinfurzatacumminata cù u cumpletu cuntinuu cù u publicu efficacemisure di salute, cumprese a vaccinazione, a distanza fisica,usu di maschere, igiene di e mani, è isolamentu è quarantena, seràesse essenziale per limità a diffusione di SARS-CoV-2, u viruschì provoca a malatia coronavirus 2019 (COVID-19).Strategicuteste di persone senza sintomi ma à risicu più altu diinfezzione, cum'è quelli esposti à SARS-CoV-2 o chì anufrequente inevitabbile cuntattu cù u publicu, furnisce un altruopportunità di limità a diffusione in corso.

Surveglianza genomica glubale è shar rapida open-sourceA creazione di sequenze di genoma virali hà facilitatu quasi in tempu realerilevazione, paragone è seguimentu di SARS-CoV-2 in evoluzionevarianti chì ponu informà i sforzi di salute publica per cuntrullà upandemia.Mentre chì alcune mutazioni in u genoma viraliemerge è poi retrocede, altri puderanu cunferisce un avanzu selettivutage à a variante, cumpresi trasmissibilità rinfurzata, cusì chìuna tale variante pò duminà rapidamente altre varianti circulanti.

A principiu di a pandemia, varianti di SARS-CoV-2 chì cuntenenua mutazione D614G in a proteina spike (S) chì aumentaL'avidità di u ligame di u receptore hè diventata rapidamente dominante in parechjiregioni geografiche (5,6).À a fine di u vaghjimu di u 2020, parechji paesi anu signalatu a rilevazioneVarianti SARS-CoV-2 chì si sparghjenu più efficacemente.In piùà a variante B.1.1.7, varianti notevuli include u B.1.351lignage scupertu prima in Sudafrica è l'identificatu recentementeB.1.1.28 subclade (rinominatu"P.1") rilevatu in quattru viaghjatorida u Brasile durante a screening di rutina à Haneda (Tokyo)aeroportu.§ Queste varianti portanu una custellazione di muta geneticazioni, ancu in u duminiu di legame à i recettori di a proteina S,chì hè essenziale per u ligame à l'angiotensina di a cellula ospiti.cunvertisce u receptore di l'enzima-2 (ACE-2) per facilità u virusentrata.L'evidenza suggerisce chì altre mutazioni truvate in questivarianti puderanu cunferisce micca solu una trasmissibilità aumentata mapuderia ancu influenzà a prestazione di qualchì diagnosticu in tempu realetrascrizzione inversareazione a catena di polimerasi (RT-PCR)essaisè riduce a suscettibilità à l'anticorpi neutralizzanti(2,3,510).Un rapportu di casu recente hà documentatu u primu casu diReinfezzione SARS-CoV-2 in Brasile cù una variante SARS-CoV-2chì cuntene a mutazione E484K,** chì hè stata dimustrataper riduce a neutralizazione da i serii cunvalescenti è monoclonalianticorpi (9,10).

Stu rapportu fucalizza nantu à l'emergenza di a variante B.1.1.7in i Stati Uniti.Da u 12 di ghjennaghju di u 2021, nè uB.1.351 nè i varianti P.1 sò stati rilevati in uStati Uniti.Per infurmazione nantu à u SARS-CoV-2 emergentevarianti di preoccupazione, CDC mantene una pagina web dedicata àfurnisce infurmazioni nantu à e varianti emergenti di SARS-CoV-2.††

 B.1.1.7 stirpe (20I/501Y.V1)

A variante B.1.1.7 porta una mutazione in a proteina S(N501Y) chì affetta a conformazione di u ligame di u receptoreduminiu.Sta variante hà 13 altre mutazioni di definizione di linea B.1.1.7 (Table), parechji di i quali sò in a proteina S,inclusa una cancellazione in e pusizioni 69 è 70 (del6970) chìevoluzione spontaneamente in altre varianti SARS-CoV-2 è hèipotisatu per aumentà a trasmissibilità (2,7).L'eliminazionein i pusizioni 69 è 70 provoca S-gene target failure (SGTF)in almenu una RT-PCRtest diagnosticu basatu (vale à dì, cù uThermoFisher Taq Path COVID-19 assay, the B.1.1.7 variant è altre varianti cù u del6970 pruduce un negativurisultatu per u target di u gene S è un risultatu pusitivu per l'altri duiobiettivi);SGTF hà servitu cum'è proxy in u Regnu Unituper identificà i casi B.1.1.7 (1).Multiple linee di evidenza indicanu chì B.1.1.7 hè piùtrasmessa in modu efficiente cumparatu cù altri SARS-CoV-2varianti chì circulanu in u Regnu Unitu.regioni di u Regnu Unitu cùuna proporzione più altu di sequenze B.1.1.7 avianu epidemia più velocecrescita di l'altri spazii, i diagnostichi cù SGTF anu aumentatupiù veloce di i diagnostichi non-SGTF in i stessi spazii, è auna proporzione più alta di cuntatti sò stati infettati da i pazienti indicicù infizzioni B.1.1.7 chè da i malati indice infettati cùaltre varianti (1,3).Variant B.1.1.7 hà u putenziale di aumentà a panna UStraiettoria demica in i mesi à vene.Per illustrà stu effettu,hè statu sviluppatu un mudellu di compartimentu simplice è duie varianti.L'attuale prevalenza US di B.1.1.7 trà tutti i circulantivirus hè scunnisciutu ma hè pensatu à esse <0.5% basatu nantu à unumeru limitatu di casi rilevati è dati SGTF (8).Peru mudellu, ipotesi iniziali include una prevalenza B.1.1.7di 0,5% trà tutte l'infizzioni, l'immunità SARS-CoV-2 dainfezione precedente di 10%30%, un riproduttivu chì varieghja in u tempunumeru (R t ) di 1.1 (trasmissione mitigata ma crescente)o 0,9 (diminuzione di trasmissione) per e varianti attuali, è l'incidenza riportata di 60 casi per 100.000 persone per ghjornu1 di ghjennaghju di u 2021. Queste supposizioni ùn rapprisentanu micca precisamenteogni locu unicu US, ma piuttostu, indicà una generalizazione dicundizioni cumuni in tuttu u paese.U cambiamentu in R t overtempu risultatu da l 'immunità acquistatu è crescente prevalenza di B.1.1.7, hè statu modellatu, cù a B.1.1.7 R t assuntaesse una constante 1,5 volte u R t di varianti currenti, basatu nantustimi iniziali da u Regnu Unitu (1,3).Dopu, l'impattu potenziale di a vaccinazione hè statu modellatuassumendu chì 1 milione di dosi di vaccina sò stati amministrati perghjornu chì principia u 1 di ghjennaghju di u 2021, è quella immunità di 95%.hè stata ottenuta 14 ghjorni dopu a ricezione di 2 dosi.In particulare,immunità contr'à l'infezzione cù varianti attuali oVariante B.1.1.7 hè stata assunta, ancu s'è l'efficacità èa durata di a prutezzione contra l'infezzione resta incerta,perchè ùn eranu micca l'endpoint primariu di prucessi clinichiper i vaccini iniziali.In questu mudellu, a prevalenza di B.1.1.7 hè inizialmente bassu, ancu perchèhè più trasmissibile chè varianti attuali, mostracrescita rapida in principiu di 2021, diventendu a variità predominanteant in marzu (Figura 1).Sia a trasmissione di correntevarianti aumenta (R t iniziale = 1,1) o diminuisce lentamente(R t iniziale = 0.9) in ghjennaghju, B.1.1.7 conduce un cambiamentu sustancialein a trajectoria di trasmissione è una nova fase di esponenzialecrescita.Cù vaccinazione chì pruteghja contra l'infezzione, utraiettorie epidemie principiu ùn cambia è B.1.1.7 sparghjesi trova sempre (Figura 2).Tuttavia, dopu à B.1.1.7 diventa uvariante dominante, a so trasmissione hè stata significativamente ridutta.L'effettu di a vaccinazione per riduce a trasmissione in u vicinuu termu era più grande in u scenariu in quale era a trasmissionedigià diminuendu (R t iniziale = 0,9) (Figura 2).I primi sforzi chìpò limità a diffusione di a variante B.1.1.7, cum'è universale èrispettu aumentatu di e strategie di mitigazione di a salute publica,permetterà più tempu per a vaccinazione in corso per ottene più altuimmunità à u livellu di a pupulazione.

Discussione

Attualmente, ùn ci hè micca una differenza cunnisciuta in i risultati clinichiassuciatu cù e varianti SARS-CoV-2 descritte;però,un ritmu più altu di trasmissioni porta à più casi, crescenteu numeru di persone in generale chì necessitanu cure cliniche, exacerabbattendu u fardelu nantu à un sistema di salute digià strettu,è risultatu in più morti.Surviglianza genomica cuntinuataà identificà casi B.1.1.7, oltri l 'emergenza di altrivarianti di preoccupazione in i Stati Uniti, hè impurtante per uRisposta di salute publica COVID-19.Mentre chì i risultati SGTFpò aiutà à identificà u putenziale casi B.1.1.7 chì pò esse cunfirmataper sequencing, identificendu varianti di priorità chì ùn mostranu miccaSGTF si basa esclusivamente nantu à a vigilazione basata in sequenza.

 

 

 

Denominazione di varianti

Prima identificazione  

Mutazioni caratteristiche

(proteina: mutazione)

No. di casi attuali cunfirmati da a sequenza No. di

paesi cun

sequenze

Locu Data Stati Uniti In u mondu sanu  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Regnu Unitu settembre 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15.369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Africa di u Sudu Ottobre 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brasile è Giappone ghjennaghju 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Abbreviazioni: del = eliminazione;E = proteina di l'envelope;N = proteina nucleocapside;ORF = cornice di lettura aperta;S = proteina spike.

A sperienza in u Regnu Unitu è ​​​​i mudelli B.1.1.7presentati in stu rapportu illustranu l'impattu più contagiosuVariante pò avè nantu à u numeru di casi in una pupulazione.Utrasmissibilità aumentata di sta variante richiede un ancu di piùimplementazione rigurosa cumminata di vaccinazione è mitigamisure (per esempiu, alluntanamentu, mascheratura è igiene di e mani)per cuntrullà a diffusione di SARS-CoV-2.Queste misure seranupiù efficaci si sò istituiti prima piuttostu chè dopuper rallentà a diffusione iniziale di a variante B.1.1.7.Sforzi àpriparà u sistema di assistenza sanitaria per più surges in casi sòghjustificatu.A trasmissibilità aumentata significa ancu chì più altuA cobertura di vaccinazione di quella prevista deve esse ottenutaottene u listessu livellu di cuntrollu di e malatie per prutege u publicuparagunatu cù varianti menu trasmissibili.In cullaburazione cù accademichi, industria, statali, territuriali,partenarii tribali è lucali, CDC è altre agenzie federalicoordinanu è rinfurzendu a vigilazione genomica èsforzi di caratterizzazione di virus in tutti i Stati Uniti.CDCcoordina i sforzi di sequenza di i Stati Uniti attraversu u SARS-CoV-2Sequenza per a Risposta di Emergenza di Salute Pública,Epidemiologia è Surveglianza (SFERE)§§cunsorziu,chì include circa 170 istituzioni participanti è prumove a spartera aperta di dati per facilità l'usu di SARS-CoV-2dati di sequenza.Per seguità l'evoluzione virale SARS-CoV-2, CDC hèimplementà a surviglianza genomica multifaceted per capiscenui prucessi epidemiologichi, immunologichi è evolutivichì formanu filogenesi virali (filodinamica);guidà u focuinvestigazioni;è facilità a deteczione è a carattirizazionezione di pussibuli reinfezioni, casi di rivoluzione di vaccine, èvarianti virali emergenti.In nuvembre 2020, CDC hà stabilituu prugramma Naziunale di Surveglianza di Strain SARS-CoV-2 (NS3).per migliurà a rappresentanza di u SARS-CoV-2 domesticusequenze.U prugramma cullabureghja cù u publicu 64 USlaboratorii di salute per sustene un sistema di surviglianza genomica;NS3 hè ancu custruendu una cullizzioni di esemplari SARS-CoV-2 and sequenze per sustene a risposta di salute publica è scientificaricerca per valutà l'impattu di mutazioni riguardanticontromisure mediche raccomandate esistenti.CDC hàancu cuntrattu cù parechji grandi labora clinichi cummercialetori per sequenza rapidamente decine di millaie di SARS-CoV-2esemplari pusitivi ogni mese è hà finanziatu sette accademichiistituzioni per fà a vigilazione genomica in partenariatucù l'agenzii di salute publica, aghjunghjendu cusì sustanzialmentea dispunibilità di dati di surviglianza genomica puntuale da tuttui Stati Uniti.In più di sti iniziative naziunali,parechje agenzie di salute publica statali è lucali sò in sequenza

FIGURA 1. Traiettorie di incidenza di casi simulati * di varianti attuali SARS-CoV-2 è a variante B.1.1.7,assumendu nisuna vaccinazione comunitariae R t iniziale = 1,1 (A) o R t iniziale = 0,9 (B) per le varianti correntiStati Uniti, ghjennaghjuAprile 2021

 

figura 1
figura 2
abbreviazioni
figura 1

SARS-CoV-2 per capisce megliu l'epidemiologia lucale èsustene a risposta di a salute publica à a pandemia.I risultati in stu rapportu sò sottumessi à almenu trè limitazioni.Prima, a magnitudine di l'aumentu di transmissibility in i Stati Uniti paragunatu à quellu osservatu in uU Regnu Unitu resta micca chjaru.Siconda, a prevalenza diB.1.1.7 in i Stati Uniti hè ancu scunnisciutu à questu tempu, maa deteczione di varianti è l'estimazione di a prevalenza migliuràcù sforzi di surviglianza rinfurzati da i Stati Uniti.Infine, mitiga lucalee misure di zione sò ancu assai variate, purtendu à variazioni inRt.I risultati specifichi presentati quì sò basati nantu à simulaè ùn assume micca cambiamenti in mitigazioni dopu u 1 di ghjennaghju.A trasmissibilità aumentata di a guerra di varianti B.1.1.7rants implementazione rigorosa di strategie di salute publica àriduce a trasmissione è diminuisce l'impattu potenziale di B.1.1.7,cumprà u tempu criticu per aumentà a cobertura di vaccinazione.CDCdati mudeli mostra chì usu universale di è cresce compliAnce cù e misure di mitigazione è a vaccinazione sò cruciali perriduce significativamente u numeru di novi casi è mortii mesi à vene.In più, a prova strategica di e persone senzasintomi di COVID-19, ma chì anu un risicu aumentatu perinfezione cù SARS-CoV-2, furnisce un'altra opportunità perlimite a diffusione in corso.In cullettivu, surveglianza genomica rinfurzatalance cumminata cù un rispettu aumentatu di a salute publicastrategie di mitigazione, cumprese vaccinazione, distanza fisicaing, usu di maschere, igiene di e mani, è isolamentu è quarantena,serà essenziale per limità a diffusione di SARS-CoV-2 èprutezzione di a salute publica.

Ricunniscenza

Membri di a Sequencing for Public Health EmergencyConsorziu di Risposta, Epidemiologia è Surveglianza;statali è lucalilaboratorii di salute publica;Associu di Laboratori di Salute Publica;Squadra di Risposta CDC COVID-19;Branca Virus Respiratori,Division of Viral Diseases, CDC.Committee of Medical Journal Editors forma per a divulgazione di potenzialecunflitti di interessu.Nisun cunflittu di interessu potenziale hè statu divulgatu.

Referenze

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Tempu di Postu: Feb-11-2021